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Basado en la serie de televisión, el videojuego Star Trek: El Duelo presenta al Capitán James T. Kirk a bordo de la USS Enterprise combatiendo diferentes naves Klingon, cubos Borg y a su viejo enemigo Khan Noonien Singh al comando de la USS Reliant. Todo comienza cuando la USS Enterprise, mientras investiga el ataque a una estación de comunicaciones cercana, es interceptada por cruceros Klingon fuertemente armados que la obligan a participar en una especie de entrenamiento guerrero conocido en todo el Imperio como :El Duelo. Su misión, responder el ataque Klingon destruyendo los cruceros de batalla AMAR, TONG y KRONOS ONE.